При переводе общего вопроса из прямой речи в косвенную в вопросе порядок слов из обратного меняется на прямой. То есть порядок слов в общем вопросе становится таким же, как и в простом повествовательном наклонении. Давайте разберем все изменения на следующем примере:
"Do you love me?", the girl asks her boyfriend. - прямая речь.
The girl asks her boyfriend if/whether he loves her. - косвенная речь.
Девушка спрашивает своего парня, любит ли он ее.
Итак, в косвенной речи порядок слов в вопросе стал прямым, то есть по сути вопросительная форма исчезла (отсутствует вспомогательный глагол do). Соответственно сказуемое (loves) теперь согласовывается c подлежащим (he) в лице и числе. В косвенной речи появляются частицы if/whether, которые полностью соответствуют русскому ли.
"Are there any candies in your pocket?" the child asks his mother.
The child asks his mother if/whether there are some candies in her pocket.
Ребенок спросил у матери, есть ли у нее в кармане конфеты?
Как вы видите, при переходе из прямой речи в косвенную в вопросе произошло еще одно лексико-грамматическое изменение - местоимение any, в силу известных причин, было заменено на some.
Специальный вопрос
В специальном вопросе при переходе из прямой речи в косвенную порядок слов также становится прямым, но вопросительное слово остается на первом месте. Частицы if/whether здесь не употребляются, так же как и в русском варианте отсутствует частица ли.
He asks her: "What is your favourite flower?" - прямая речь.
He asks her what her favourite flower is. - косвенная речь.
Он спросил, какой у нее любимый цветок.
"Where do you live?", the criminal asks the boy. - прямая речь.
The criminal asks the boy where he lives. - Преступник спрашивает у мальчика, где он живет.